万方查重入口支持的文件格式包括doc、docx、pdf等常见的文档格式，以及txt、rtf等文本格式。用户可以根据自己的需要选择合适的文件格式进行查重操作。

除了常见的文档格式外，万方查重入口还支持一些专业的学术论文格式，如latex等。这些格式的支持使得用户能够更全面地进行学术论文查重，满足不同领域的需求。